一、基本原理
电荷与电场作用
DNA分子带负电荷,在电场中会向正极移动。不同大小的DNA片段因迁移速度不同而分离:较小的片段移动更快,较大的片段移动较慢。这一过程可通过琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶实现,凝胶的网状结构起到分子筛的作用。
分辨率与凝胶选择
琼脂糖凝胶:适用于分离100 bp至25 kb的DNA片段,操作简便,常用于常规检测。
聚丙烯酰胺凝胶:分辨率更高,可区分小至一个碱基对的差异(如10-3,000 bp的片段),适合精确分析。
脉冲场凝胶电泳(PFGE):用于超大DNA分子(如染色体片段)的分离,通过交替电场方向实现复杂样本的解析。
二、实验步骤与操作要点
制备凝胶与加样
根据目标DNA大小选择凝胶浓度(如1%琼脂糖用于1-10 kb片段)。
将DNA样本与上样缓冲液混合,加入凝胶孔中。缓冲液中的追踪染料(如溴酚蓝)可显示电泳进程。
电泳条件设置
电压:通常为5-15 V/cm(琼脂糖凝胶)或更高(如120 V),小片段需低电压以避免过热。
缓冲液:常用TAE或TBE缓冲液维持pH和离子强度,确保DNA稳定迁移。
温度控制:低温环境(如冰浴)可减少凝胶融化风险,提高分离效果。
染色与观察
使用溴化乙锭(EtBr)或更安全的替代染料(如SYBR Green)染色,DNA在紫外灯下显荧光条带。
注意事项:操作时需佩戴防护眼镜,避免紫外线伤害。
三、结果分析与应用
条带判读
通过与已知分子量的标准品(DNA ladder)对比,估算未知DNA的大小。
条带亮度反映DNA浓度,条带清晰度指示样本纯度(如无拖尾表示无降解)。
应用场景
法医学与亲子鉴定:通过比对个体间DNA条带差异确认身份或亲缘关系。
基因工程:验证质粒酶切是否成功,观察目标基因的插入或缺失。
医学诊断:检测遗传病相关基因突变(如血友病A)或病原体DNA。
四、注意事项与优化
电压与时间平衡:高电压可缩短时间,但可能导致条带模糊;需通过预实验优化条件。
凝胶浓度选择:浓度越高,分离小片段效果越好(如2%琼脂糖适合500 bp以下片段)。
替代技术:毛细管电泳适用于高通量自动化分析,但成本较高。
五、技术局限性
分辨率限制:传统凝胶电泳难以区分极相似大小的片段(如SNP检测需测序补充)。
样本复杂性:微生物群落等复杂样本中,电泳可能掩盖遗传多样性,需结合测序技术。
结语
DNA电泳技术凭借其直观、高效的特点,成为遗传学研究和实际应用的基石。从亲子鉴定到疾病诊断,其核心原理与操作逻辑贯穿分子生物学的各个领域。随着技术进步,电泳与其他方法(如PCR、测序)的结合将进一步拓展其应用边界。